مدرسه علمیه مشکوة اندیشه خواهران در سال 1385 به طور غیررسمی و درسال 1390 به طور رسمی فعالیت خود را آغاز کرده است . مدیریت این مجموعه بر عهده خانم حبیبی می باشد. جامعه هدف این مدرسه عموما از میان فارغ التحصیلان دانشگاهها می باشد. برنامه آموزشی-تربیتی علوم اسلامی مشکوه اندیشه در اولین مقطع تحصیلات حوزوی بانوان طلبه اجرا می شود. در این مقطع علوم پایه، مقدمات علوم اسلامی و علوم حوزوی به منظور دستیابی به چارچوب های اندیشه دینی و توانایی مراجعه به منابع و متون اسلامی و نیز برخی مهارت های مورد نیاز ارائه می شود. طلاب پس از کسب صلاحیت های اخلاقی و شخصیتی لازم، آماده پذیرش مسئولیت های اجتماعی متناسب می گردند.
به دانش آموختگان این مقطع «مدرک علمی سطح دو رشته علوم اسلامی اعطا می شود».