برنامه آموزشی مجتمع حوزه‌ای صدر (مشکوة) یک برنامه تحول یافته است. این تحول ناظر به بر طرف کردن خلاءهای حوزه علمیه موجود جهت تربیت طلبه پاسخگو به نیازهای جامعه امروز و نیز بر پایه ی مطالبات رهبری در این زمینه بوده و از آن جایی که حوزه علمیه مشکوة حوزه ای است که بر مبنای دغدغه های حضرت آیت الله العظمی خامنه ای(دام ظله العالی) طرح ریزی و بنا شده است، در برنامه آن سعی شده به دروسی که از منظر ایشان اهمیت بالایی دارند و در نظام رسمی کنونی حوزه یا اصلا جایگاهی ندارند و یا جایگاه آنها بسیار کمرنگ است، نگاه ویژه شود.
در این مجتمع به منظور تحول در دوره عمومی، سالهای تحصیل از 10 الی 12 سال در طرح‌های مرسوم حوزه علمیه، به 7 سال کاهش پیدا کرده است*. البته این کاهش سنوات به معنای کاستن از کیفیت آموزشی و توانمندی علمی طلاب نیست بلکه با اصلاح برنامه‌های آموزشی و تغییر در متون درسی تلاش شده استفاده بهینه‌ای از فرصت‌های درسی به عمل آید، که در ادامه به بخشی از آن به عنوان نمونه اشاره خواهد شد:
در مجتمع حوزه‌ای صدر مانند دیگر مدارس علمیه، حجم زیادی از برنامه درسی به فقه و اصول اختصاص یافته، البته متون درسی در این دو درس تغییر اساسی پیدا کرده است. به عنوان مثال در درس «اصول فقه»، کتاب حلقات شهید صدر ره جایگزین کتاب‌های الموجز، اصول فقه مرحوم مظفر، رسائل و کفایه شده و در مجموعه دروس «فقه نیمه استدلالی»، کتاب دروس تمهیدیه آیت الله ایروانی به جای کتاب شرح لمعه قرار گرفته است. در مجموعه دروس «فقه استدلالی» نیز علاوه بر قرار دادن بخشی از کتاب مکاسب شیخ انصاری ره، کتبی همچون کتاب البیع امام خمینی ره، کتاب الصوم آیت الله خویی ره، مستمسک مرحوم حکیم، جواهر الکلام و فقه العقود آیت الله سید کاظم حائری و... به عنوان متن درسی قرار داده شده است. البته به منظور از بین بردن شکاف علمی بین طلاب و تراث علمی ارزشمند حوزه علمیه، در واحدهای پژوهش و بخش محدودی از واحدهای درسی، به دیگر متون مرسوم حوزه نیز پرداخته میشود.
دروس کلام و فلسفه در این مجتمع مانند حوزه‌های دیگر تدریس می شود، البته توجه بیشتری به این دروس به نسبت فضای مرسوم در حوزه های علمیه وجود دارد.
از تفاوت های دیگر مشکوة با برنامه مرسوم حوزه علمیه، اهتمام ویژه به قرآن کریم و روایات است و لذا حجم واحدهایی که به این دروس اختصاص یافته، نسبت به مدارس دیگر بیشتر است. البته این اهتمام افزونتر بدان معنا نیست که تعداد واحدهایی که مستقیما به قرآن و حدیث می پردازند از واحدهای درسی دیگری که جنبه مقدّمیت نسبت به فهم نصوص وحیانی دارند، بیشتر است.
نسبت به درس «ادبیات عرب» تفاوت اساسی روش آموزشی این مجتمع حوزه‌ای آن است که به جای تدریس متمرکز این درس در سه سال اول تحصیل طلاب (چنانکه در برنامه مرسوم حوزه چنین است)، واحدهای درسی این ماده درسی در هفت سال دوره عمومی توزیع شده و نیز واحدهای درسی مختصّ به حل تمرین قواعد ادبیات عرب به برنامه درسی دوره عمومی افزوده شده است.
یکی دیگر از ویژگی های اصلی موجود در برنامه، عنصر جامعیت نسبت به همه عناوین علوم اسلامی است. در برنامه درسی مشکوة سعی شده است که از همان سالهای اول علاوه بر ادبیات و فقه و اصول به دروس دیگری نیز از جمله قرآن، روایت، تاریخ اسلام، کلام، رجال و... اهمیت ویژه ای داده شود و توقع این است که یک جامعیت نسبی برای مواجهه با تمامی زمینه های علوم اسلامی در طلاب ایجاد شود. ویژگی دیگر این طرح پلکانی و لایه بندی بودن برنامه آموزشی در عناوین درسی است. هر درسی باید این ویژگی را داشته باشد که در دو یا سه سطح برگزار شود؛ به طور مثال درس اصول در سه لایه تدریس خواهد شد: لایه اول تدریس حلقه اولای شهید صدر؛ لایه دوم تدریس حلقه ثانیه و لایه سوم تدریس حلقه ثالثه؛ همین منطق برای دروس مختلف رعایت میشود و مثلاً درس قرآن هم در سه لایه تدریس میگردد.علاوه بر اینها سعی شدهاست فاصله منطقی پلههای آموزشی در برنامه ها رعایت گردد. این فاصله نه خیلی کوتاه است که منجر به سطحی برگزار شدن دوره مقدماتی (یا متوسط) بشود و نه چندان طولانی است که باعث وقفه آموزشی گردد. لذا به طور مثال مبحث صرف و نحو ابتدا در سطح متوسط تدریس میشود و در سالهای بعد با سطح عالی و در نهایت با درس بلاغت ادامه پیدا میکند. در سایر دروس نیز همین سبک مورد توجه قرار گرفته است.
لازم به ذکر است که تحولات آموزشی صورت گرفته در این مجتمع، محدود به دوره عمومی (دوره سطح) نیست و دوره تخصصی نیز چه از حیث اهداف و چه از حیث روش‌ها، بهره‌مند از نگاه‌های تحولی متعالی است، که توضیح آن مجال دیگری می‌طلبد.
در ذیل برنامه هفت سال آموزشی مجتمع حوزه‌ای صدر(مشکوة) در دوره سطح آورده شده است. البته بدیهی است که در هر برنامه تحولی تغییراتی در برنامه درسی محتمل می‌باشد:
(داناود جدول درسی برنامه هفت ساله)
* در مدارسی که از مقطع سیکل پذیرش طلبه دارند به اقتضای این مقطع تفاوت‌هایی در برنامه مشکوة ایجاد میگردد.