1- مزیت های کلی
الف- تلاش برای تحقق فرمایشات مقام معظم رهبری حفظه الله در خصوص تحول در حوزه و نگریستن به این فرمایشات به عنوان سند بالادستی
ب- اهتمام به قرآن کریم و روایات اهل بیت ع در برنامه اصلی درسی
ج- کاهش مدت تحصیل در دوره سطح در عین حفظ علمیت
- چهار سال معادل پایان سطح 1 (6سال)
- شش سال معادل پایان سطح 2 (9 سال)
- سال هفتم معادل پایه دهم
د- استفاده از کتب آموزشی‌ای که هر چند مؤلفین آن از اجلاء حوزه علمیه هستند ولکن در برنامه آموزشی حوزه مغفول واقعه شده‌اند.
ه- داشتن برنامه درسی برای طلاب از ابتدا تا رسیدن به تخصص برای پیشبرد اهداف نظام اسلامی
2- مزیتهای دروس به تفکیک
الف- فقه
- آشنایی با فقه تفریعی بوسیله مطالعه عناوین ابواب کتاب وسائل الشیعة
- آشنایی با کار دلالی و سندی بر روایات فقهی در همان دوره مقدمات به وسیله کتاب دروس تمهیدیة
- آشنایی با قواعد فقهیه به صورت واحدهای درسی مستقل
- آشنایی با سایرمتون مهم در فقه مثل مستمسک، جواهر، موسوعه آیة الله خویی و فقه العقود آیة الله حائری
ب- اصول
- درس گرفتن کتاب دروس (حلقات) شهید صدر که مزایای ذیل را داراست:
- ارائه فهرستی جدید از مباحث اصول متفاوت با فهرست رایج کفایة الاصول
- ایجاد چارچوب و نظام فکری در طلبه نسبت به عناوین به ظاهر پراکنده اصول
- آشنایی با نظرات بعد از مرحوم آخوند و اشکالات آن نظرات
- طرح مباحثی که بعد از مرحوم آخوند اساسا مطرح شده مانند بحث سیره
ج- ادبیات
- مطالعه دروس ادبیات بصورت کاربردی بدین معنا که چون از ابتدا طلبه درگیر متون اصلی دین یعنی قرآن و روایات می شود با مصادیق مباحث ادبیات در این متون مأنوس و آشنا می گردد.
- عنایت ویژه در برنامه به بحث تجزیه و ترکیب برای تثبیت مباحث ادبی.
د- قرآن
- نگاه به قرآن بعنوان یکی از دروس اصلی نه به عنوان درسی جنبی(بدون کلاس)
- تسلط بر قران طی سه حلقه مطالعه تطبیقی، تدبری و تفسیری بر قرآن
ه- حدیث
- عنایت به درس رجال، سندشناسی و تاریخ حدیث.
- حجم خوانی روایات اخلاقی مانند ابواب مقدمات عبادات، کتاب جهاد با نفس و کتاب العشرة
- تدریس متون ارزشمند حدیثی مانند نهج‌البلاغة و صحیفه سجادیة
و- علوم عقلی
- اهتمام جدی برنامه به دروس فلسفه
- حضور بحث‌های معرفت شناسی و کلام جدید در برنامه درسی